本院陸續成立整合性研究中心，與美國德州大學安德森癌症中心簽約合作從事乳癌研究，其研究重點領域包括基因治療、蛋白質體、分子醫學、和幹細胞等。近年來進行的乳癌研究計畫與發表的研究論文，質與量均飛躍快速成長。

近來，抗血管新生療法如 Avastin (Bevacizumab) 已成為極具潛力的癌症療法（包括乳癌）。然而此類針對 VEGF 途徑之藥物具有許多嚴重的副作用。為了克服此問題，我們發展出雙標靶融合蛋白 (Endo-CD) 治療法，目前已經完成動物實驗並證實此概念，結果顯示 Endo-CD 比 Avastin (Bevacizumab) 更有效且毒性較小。

癌幹細胞為腫瘤內對於癌症治療具有抵抗性且可新生腫瘤的一小群癌細胞，被認為是癌症治療的主要障礙。為了針對癌幹細胞的抗藥性問題，我們發展出一新穎基因療法 (BikDD)，希望有效地殺死乳癌幹細胞。

三陰性乳癌（亦即雌激素受體、孕激素受體與 ErbB2 受體低度表現）約佔全部乳癌之 15%，迄今仍無針對此類乳癌之有效療法。我們已經發展出一新穎療法可將三陰性乳癌轉變為雌激素受體陽性（荷爾蒙療法）或 ErbB2 受體陽性（Herceptin 療法）之癌症，此方法可讓我們將非標靶型三陰性乳癌轉換為可標靶型乳癌。

由於早期診斷可顯著降低癌症的致死率，我們藉由研發新醫療器材並帶入臨床試驗，提供各種癌早期診斷與發展個人化治療。透過建構具自主權之生醫電子產業鏈，發展具技術領先性與高應用價值性之 DOS/I 乳癌篩檢影像診斷系統、應用在癌症早期篩檢，以期達早期治療的目的。

我們利用超音波做乳房掃描研發超音波彈性影像 (Ultrasound Elastography)，藉著不同波形、組織、阻力，偵測組織彈性來篩選早期乳癌患者。